学生在校学习期间，有下列情况之一的，可以转专业：
（一）学生确有特长，转专业、转学更能发挥其特长的； 这种情况一般要求你大一第一学期绩点高，成绩好。学校会有转专业机会，需要面试。
（二）学生入学后发现某种疾病或生理缺陷，经学校指定的医疗单位诊断确认，不能在原专业学习，但尚能在本校或其他高等学校相关专业学习的；
（三）经学校认可，学生确有某种特殊困难，不转专业或不转学则无法继续学习的；
（四）本科学生学习确有困难，要求转入专科学习的；
（五）根据就业形势和社会对人才需求情况，学校认为确实有必要调整少量学生专业的。
南京中医药大学翰林学院所有的专业一览表
| 招生类别 | 代号 | 专业 | 学制 | 学费 |
| （元/年） | ||||
| 文科 | 1 | 中医学 | 5 | 16500 |
| 2 | 中医学（中医全科医学） | 5 | 16500 | |
| 3 | 针灸推拿学 | 5 | 16500 | |
| 4 | 康复治疗学 | 4 | 16500 | |
| 5 | 应用心理学 | 4 | 15000 | |
| 6 | 护理学 | 4 | 16500 | |
| 7 | 药事管理 | 4 | 16500 | |
| 8 | 国际经济与贸易 | 4 | 14000 | |
| 9 | 市场营销 | 4 | 14000 | |
| 10 | 公共事业管理(卫生事业管理) | 4 | 14000 | |
| 11 | 公共事业管理(医疗保险) | 4 | 14000 | |
| 理科 | 12 | 中医学 | 5 | 16500 |
| 13 | 中医学（中医全科医学） | 5 | 16500 | |
| 14 | 针灸推拿学 | 5 | 16500 | |
| 15 | 康复治疗学 | 4 | 16500 | |
| 16 | 应用心理学 | 4 | 15000 | |
| 17 | 护理学 | 4 | 16500 | |
| 18 | 中药学 | 4 | 16500 | |
| 19 | 药学 | 4 | 16500 | |
| 20 | 制药工程 | 4 | 15000 | |
| 21 | 药物制剂 | 4 | 16500 | |
| 22 | 中药资源与开发 | 4 | 16500 | |
| 23 | 生物制药 | 4 | 15000 | |
| 24 | 药事管理 | 4 | 16500 | |
| 25 | 公共事业管理(卫生事业管理) | 4 | 14000 |
