本次转专业分第一轮和第二轮。
凡符合下列条件之一者，可在第一轮申请转专业。
1、学年学习成绩列原专业全年级前15%的学生，且无纪律处分、现无不及格课程（截止至8月15日），可申请转入学院所有专业（包括临床医学，麻醉学，口腔医学等专业），且先于其他学生录取和征求志愿；
2、学年学习成绩列原专业全年级前30%的学生，且无纪律处分、现无不及格课程，也可申请转入学院所有专业（包括临床医学，麻醉学，口腔医学等专业），但在前15%的学生录取完成后可容纳人数未满的前提下依次录取。
3、级临床医学（精神医学方向）专业继续开放20个降级转专业名额[注：级临床医学（精神医学方向）专业不再与附属康宁医院签订协议，亦不享有附属康宁医院的任何补贴]。符合上述1、2条件的学生均可申请报名，且按上述先后顺序录取。
转专业考核办法中成绩的计算和排序以招生专业（或类）学生第一学年学习成绩的加权平均分计算，其中公共选修课、医学技术类专业的选课成绩不计入。上一学年降级转专业的学生不得再转专业，也不计入专业总人数和排名。
在第一轮转专业录取（包括征求志愿）完成后仍有专业可容纳人数未满的前提下，开放第二轮报名，在规定时间内完成报名。
第二轮报名条件：
1、申请转入临床医学、麻醉学、口腔医学、中医学、法医学、药学、中药学、护理学、医学影像技术、医学检验技术、康复治疗学等专业要求学生学年学习成绩列原专业全年级前50%；
2、申请转入眼视光学专业原则上不设学年学习成绩限制；
3、申请转入非医学类专业（包括英语、日语、法学、公共事业管理、市场营销、信息管理与信息系统、生物医学工程等专业）原则上不设学年学习成绩限制。
4、学生如不适应在原专业学习或因某种疾病或生理缺陷不能在原专业学习，可申请转入我院其他专业，但原专业当年高考录取分数线应不低于申请转入专业当年高考录取分数线。
温州医科大学仁济学院所有的专业一览表
| 学部 | 下设专业 |
| 临床医学一部 | 临床医学专业（温州市首批重点建设专业） |
| 临床医学二部 | 麻醉学专业 |
| 康复治疗学专业 | |
| 中医学专业 | |
| 临床医学专业（温州市首批重点建设专业） | |
| 人文与管理学部 | 市场营销 |
| 法学 | |
| 公共事业管理 | |
| 护理学部 | 护理学 |
| 口腔医学部 | 口腔医学 |
| 检验与生命科学学部 | 医学检验技术 |
| 外国语学部 | 日语 |
| 英语 | |
| 环境与公共卫生学部 | 应用心理学 |
| 环境科学 | |
| 药学部 | 中药学 |
| 药学 | |
| 信息与工程学部 | 生物医学工程 |
| 医学影像技术 | |
| 信息管理与信息系统 | |
| 基础医学部 | 法医学 |
| 社会科学教学部 | |
| 体育教育学部 |
