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民办本科和独立学院都是高等教育的一种，但是在办学性质和管理等方面是不同的，它们的区别是：
1、办学单位不同。民办高校指的是企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办的高等学校及其他教育机构。而独立学院是本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作办学的。
2、学校名称不同。民办大学都有自己的独立的名称，如西安外事学院、上海纽约大学等。而独立学院则在学院名称前有合办学校的名称，如厦门大学嘉庚学院、南开大学滨海学院等。
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3、扶植单位不同。民办高校是独立面向社会举办的高等学校及其他教育机构，其办学层次分专科和本科；独立学院是由省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作。
4、设立方式不同。民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。
