1、校区启用时间不同。
南京理工大学的南京校区启用或者创办时间是在1953年，要早于江阴校区。南京理工大学江阴校区是在2020年9月份启用的。
2、占地规模不同。
南京理工大学的南京校区占地规模约为占地3200亩，校舍建筑总面积108万平方米。南京理工大学江阴校区占地1115亩，校舍建筑总面积32万平方米。
3、办学重点不同。
南京理工大学的南京校区主要聚焦核心办学功能提升建设孝陵卫、汤山两个分部。南京理工大学江阴校区主要聚焦国家战略实施和国际化办学。
4、院系设置不同。
南京理工大学的南京校区设置的院系有机械工程学院、化工学院、经济管理学院以及理学院等院系。南京理工大学江阴校区设置的院系有中法工程师学院、网络空间安全学院、智能制造学院、新能源学院、工业互联网研究院、国际教育学院。
