南京理工大学自动化专业是全国自动化领域的一流大学。
一、本专业高度重视学科建设向专业建设的渗透和高水平科研成果向本科教学的转化，构建了一套培育系统设计师的实践教学体系，对学生科研素养和创新能力的培养起到了极大的促进作用。本专业由运动控制系统和过程控制系统、综合自动化系统以及嵌入式控制系统三个专业方向构成。
2005年被批准为江苏省品牌专业，2007年被批准为国家级特色专业建设点。毕业生适应面宽，具有良好的就业前景。
二、本专业主要培养综合应用自动控制理论、计算机、电子和电气元部件、计算机网络、信息处理技术的能力。
