根据综合实力对比，福建师范大学的综合实力更强。
1. 福建师范大学在近年来在学科建设、科研成果和师资力量等方面都取得了显著的进展，其拥有一支强大的师资队伍和丰富的教研资源，使得其在综合实力上占有一定的优势。
2. 闽南师范大学在一些方面也取得了一定的成绩，但相较于福建师范大学，其在学科建设和科研领域的实力稍显不足，综合实力相对较弱。
3. 当然，综合实力的评判涉及多个方面，包括学科专业、科研水平、师资力量、学校声誉等因素，因此具体对比还需综合考量。综上所述，根据综合实力对比，福建师范大学的综合实力更强。
