安徽中医药大学创建于1959年，前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校），1959年，安徽省政府正式建立安徽中医学院，与北京中医学院、上海中医学院、南京中医学院并称中国四所高等中医院校。
1997年，开始独立招收研究生。
亳州学院是国家甲级设计资质学院，中国（独立）学院理事会常务理事单位，安徽省示范应用型本科高校，国家首批“卓越医生教育培养计划”医学人才改革试点高校，拥有国家“双师型”教师（王建利、孙健）工作室、国家级大学生校外实践教育基地（刘和云、孙健）、国家级大学生创新创业训练计划项目（王建利、孙健、张雨晨、章文益、段昌虎等）。
综合来看，两所学校都是比较优秀的学校，但是专业和方向不同，可以根据自己的兴趣和专业选择哪个更适合自己。
