牡丹江有牡丹江医学院、牡丹江师范学院、牡丹江大学、黑龙江林业职业技术学院、黑龙江农业经济职业学院、黑龙江商业职业学院、黑龙江幼儿师范高等专科学校等7所大学。
以上这些大学在教学质量、学科设置、师资力量、学生就业等方面都有着出色的表现。
1，牡丹江大学是其中最具代表性的大学之一，创建于1958年，是黑龙江省属本科院校，也是黑龙江省首批应用型本科院校。牡丹江大学以培养应用型人才为主要目标，注重实践教学和产学研合作，拥有一支高水平的师资队伍和多个特色专业。
2，牡丹江师范学院创建于1958年，是黑龙江省属本科师范院校。学校以培养优秀的中小学教师为主要目标，注重师范生教育教学能力的培养。学校的化学、数学与应用数学、汉语言文学、历史学、英语等专业在国内具有一定的知名度。
3，牡丹江医学院创建于1946年，是黑龙江省属本科医学院校。学校以培养高素质的医学人才为主要目标，注重实践教学和科研创新。学校的临床医学、口腔医学、中医学、针灸推拿学等专业在国内具有一定的知名度。
4，牡丹江理工学院创建于1958年，是黑龙江省属工科院校。学校以培养应用型人才为主要目标，注重实践教学和产学研合作。学校的机械设计制造及其自动化、材料科学与工程、化学工程与工艺、电子信息工程等专业在国内具有一定的知名度。
5，牡丹江农业工程学院创建于1958年，是黑龙江省属农业院校。学校以培养农业应用型人才为主要目标，注重实践教学和产学研合作。学校的植物保护、动物科学、农业机械化及其自动化等专业在国内具有一定的知名度。
