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南京农业大学马克思主义学院独立建制于2011年5月。学院本着“博以求精，和而不同”的宗旨和“思正致远”的院训，承担着全校思想政治理论课（简称“思政课”）教学和3个硕士点的人才培养工作。学院现有教工52人，其中在职专任教师47人，行政人员4人,师资博士后1人。在职教师中，教授8人，副教授18人；35人具有博士学位，先后有8人进入博士后流动站从事研究工作。学院前身可溯源至1952年设立的马列主义教研组。
1960年5月，更名为马列主义教研室(简称“马列室”)，成为学校直属单位。
1986年6月，马列室更名为社会科学部(简称“社科部”)，承担全校思政课教学与研究工作。
1993年5月，创办“公共关系与秘书”2年制专科专业。
1995年，创办“社会学”4年制本科专业及“工商行政管理”成人教育专业。
1996年“科学技术哲学”硕士点获农业部批准招生。
