福建农林大学金山和旗山校区的区别主要包括以下几点：
1. 地理位置：金山校区位于福州市区金山社区，而旗山校区位于福州市区近郊的旗山社区。
2. 校园规模：金山校区的总占地面积较大，有13个学院和4个研究生院，是一个综合性大学；而旗山校区主要由本科学院和研究生院组成，校园面积相对较小。
3. 学科设置：由于金山校区位于福州市区，繁华便利，因此其学科设置更加偏向于应用学科，如经济、管理、法律等；而旗山校区位于近郊，学科设置更加注重理论学科，如植物保护、生态学、教育学等。
4. 学习方式：金山校区的学习方式更加注重实践和实习，学生有机会参与到实际生产和社会中；而旗山校区的学习方式更加注重理论知识的学习和研究，学生有更多的机会参与学术性的研究和实验。
福建农林大学金山和旗山校区各有不同的特点和优势，具体选择应该根据个人的兴趣和专业需求来决定。
