南阳农业职业学院牧医工程学院开设的专业包括：
畜牧兽医：本专业培养具有畜禽健康养殖与疾病防治知识和技能的高素质技术技能型人才。
动物防疫与检疫：本专业培养能够从事动物防疫、检疫工作的高素质技术技能型人才。
动物医学：本专业培养掌握常见宠物疾病诊疗和宠物医院经营管理的基本知识的高素质技术技能型人才。
宠物养护与驯导：本专业培养能够胜任宠物疾病诊断与治疗、宠物医院经营与管理等工作的高素质技术技能型人才。
畜禽智能化养殖：本专业培养掌握畜禽场规划与建设、畜禽智能化养殖技术、环境监测与控制等专业知识与职业技能的高素质技术技能型人才。
此外，牧医工程学院还与马来西亚林肯大学学院合作开设了畜牧兽医专业的中外合作办学项
