1. 学科设置的不同
南京理工大学本部校区与江阴校区在学科设置上有所不同。本部校区学科设置完整而全面，涵盖了理、工、经、管、文等多个领域。而江阴校区则注重理工科学科的发展，设有机械工程、电子信息、材料科学与工程等一系列专业，同时也设置了新闻传播专业等文科专业。
2. 师资不同
一所高水平大学的师资力量是学校的一大核心竞争力。南京理工大学本部校区以海内外高层次人才为主体构建了一支高水平师资队伍，其中具有海内外知名大学博士、博士后和享受国务院特殊津贴教授等一批优秀的教师。而江阴校区相对本部区设置较晚，目前的师资队伍多以年轻教师为主，但这也为江阴校区未来师资力量的提升创造了更多的机会。
3. 学生管理的不同
南京理工大学本部校区与江阴校区的学生管理也有所不同。本部校区学生管理相对成熟，学生会、团委等学生组织活跃，各类社团结构完善，社交活动比较丰富多彩；江阴校区则相对来说学生社交活动相对较少，但一方面也由于校区教学和生活资源的相对不足，学生接触和开展社交活动的时间和场所较有限。
