赣南医学院是一所以医学教育为主的本科院校，下设医学、口腔医学、护理学、药学、公共卫生与管理、生物医学工程及医学影像专业六个学院。具体专业如下：
1. 医学院：
- 临床医学
- 医学影像学
- 医学检验技术
- 康复治疗学
2. 口腔医学院：
- 口腔医学
- 口腔医学技术
3. 护理学院：
- 护理学
4. 药学院：
- 药学
- 药物制剂
- 中药学
5. 公共卫生与管理学院：
- 预防医学
- 卫生检验与检疫技术
- 卫生事业管理
6. 生物医学工程及医学影像学院：
- 生物医学工程
- 医学影像学
