石河子大学是石河子市本科层次最高、规模最大的综合性大学，下设30个学院，涵盖了文、理、工、法、经、管、教育、医学等多个学科门类。具体包括：
1. 人文学院
2. 新闻传播学院
3. 外国语学院
4. 数学与统计学院
5. 物理与电子信息学院
6. 化学化工学院
7. 资源与环境学院
8. 土木工程学院
9. 机械工程学院
10. 信息工程学院
11. 电气工程学院
12. 自动化学院
13. 计算机科学与技术学院
14. 材料科学与工程学院
15. 生命科学学院
16. 药学院
17. 医学与护理学院
18. 法学院
19. 经济管理学院
20. 旅游学院
21. 教育学院
22. 体育学院
23. 国际教育学院
24. 中亚语言文化学院
25. 艺术学院
26. 政治与公共管理学院
27. 军事文化学院
28. 大学英语教育中心
29. 基础教育教学中心
30. 研究生院
除此之外还有马克思主义学院，和俄语系。
