看专业方向，各有千秋。
复旦大学的基础医学方面比较强，就是医学研究方面。行医上，上海交通大学的临床和口腔都比较强，尤其是上交的临床专业是全国唯一一家六星的临床专业，全国第一，而且上交的附属三甲医院数量多，包括上海最好的瑞金医院等共计十一家。
上海第二医科大学、上海第一医科大学分别并入了上海交通大学、复旦大学。
组成了上海交通大学医学院和复旦大学上海医学院。
由于上海交通大学、复旦大学的综合实力超强，再加上位于上海的先天优势，无论是上海交通大学的临床医学还是复旦大学的临床医学，在全国都是排名前列。
据说合并之初，上海交通大学医学院由上海市直接支持，复旦大学上海医学院由教育部支持。
