东南大学有3个校区，分别是四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区；设有33个院系；全日制在校生30664人；专任教师2899人。
1、四牌楼校区：南京的中心玄武区四牌楼2号。校区东枕钟山，北临玄武湖，松桧荟翠，风景秀丽，占地641亩，建有各类建筑61.85万平方米。该校区为研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究基地。
2、丁家桥校区：鼓楼区丁家桥。占地176亩，已建各类建筑26万平方米。该校区为医学学科教育科研基地和东南大学附属中大医院所在地。
3、九龙湖校区：江宁经济技术开发区南部。
2006年夏季起，东南大学主教学区迁至东南大学九龙湖校区，总面积3752.35亩。
