牡丹江的大学包括：
牡丹江师范学院、牡丹江医学院、牡丹江大学、黑龙江农业经济职业学院、黑龙江林业职业技术学院、黑龙江商业职业学院、黑龙江幼儿师范高等专科学校、黑龙江农业职业技术学院等。
牡丹江师范学院
牡丹江师范学院是一所省属全日制普通本科高等学校，位于牡丹江市爱民区文化街191号。学校创建于1958年，是黑龙江省东南部地区建校最早、规模最大、综合实力最强的省属本科院校。
牡丹江医学院
牡丹江医学院是一所全日制普通本科医学院校，位于牡丹江市爱民区通乡路3号。学校创建于1958年，是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校。
牡丹江大学
牡丹江大学是一所全日制普通高等专科学校，位于牡丹江市西地明街530号。学校创建于1983年，是黑龙江省东南部地区唯一一所综合性高等专科学校。
黑龙江农业经济职业学院
黑龙江农业经济职业学院是一所全日制普通高等职业院校，位于牡丹江市西安区温春镇。学校创建于1958年，是黑龙江省东南部地区唯一一所农业类高等职业院校。
黑龙江林业职业技术学院
黑龙江林业职业技术学院是一所全日制普通高等职业院校，位于牡丹江市爱民区文化街99号。学校创建于1958年，是黑龙江省东南部地区唯一一所林业类高等职业院校。
黑龙江商业职业学院
黑龙江商业职业学院是一所全日制普通高等职业院校，位于牡丹江市爱民区西圣林街111号。学校创建于1958年，是黑龙江省东南部地区唯一一所商业类高等职业院校。
黑龙江幼儿师范高等专科学校
黑龙江幼儿师范高等专科学校是一所全日制普通高等专科学校，位于牡丹江市西地明街2号。学校创建于1906年，是黑龙江省东南部地区唯一一所幼儿师范类高等专科学校。
黑龙江农业职业技术学院
黑龙江农业职业技术学院是一所全日制普通高等职业院校，位于牡丹江市西安区温春镇。学校创建于1948年，是黑龙江省东南部地区唯一一所农业类高等职业院校。
