文学院
理学院
马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠）
经济与管理学院（与江苏长江经济带研究院合署）
教育科学学院
教师教育学院（教师教育管理处合署）
外国语学院
化学化工学院
生命科学学院（海洋学院）
机械工程学院
信息科学技术学院（阿里云大数据学院、计算机科学与技术学院）（专用集成电路设计重点实验室挂靠）
电气工程学院
纺织服装学院
医学院（护理学院）（临床技能训练中心挂靠）
公共卫生学院
体育科学学院
艺术学院（建筑学院）
地理科学学院
交通与土木工程学院（交通学院）（交通运输工程研究院挂靠）
药学院
国际教育学院
张謇学院
通科微电子学院
神经再生重点实验室（与神经科学系、神经再生协同创新中心合署）
特种医学研究院（与航海医学系、航海医学研究所、疼痛医学研究院合署）
智能信息技术研究中心
