南京航空航天大学有本科专业58个。
最好的专业是该校的国级特色专业：
飞行器设计
电气工程与自动化
工程图学
信息工程
机械工程及自动化
交通运输
学院设有飞行器设计与工程、飞行器环境与生命保障工程、土木工程、建筑环境与设备工程等4个本科专业。
拥有飞行器设计、工程力学、流体力学、一般力学与力学基础、固体力学、机械设计及理论、测试计量技术及仪器、人机与环境工程、道路与铁路工程等9个二级学科博士点；自主设置了直升机工程、纳米力学、智能监测与控制等3个二级学科博士点。与这些二级学科相关的6个一级学科都有博士学位授予权，并设有博士后科研流动站。
