兰州大学有一个国家重点实验室：功能有机分子化学国家重点实验室。
功能有机分子化学国家重点实验室，原名应用有机化学国家重点实验室（State Key Laboratory of Applied Organic Chemistry），依托于兰州大学，是中国计委1985年首批筹建的国家重点实验室。
该实验室是我国有机化学科学研究和人才培养的重要基地之一。实验室广泛深入开展功能有机分子的化学与功能的基础和应用基础研究，多项研究已取得国际领先水平。实验室承担了国家、省部级科研项目近千项，多次获得国家级、省部级奖励。
兰州大学 “有机化学创新研究群体”是 2001年国家自然科学基金委首批建立的群体之一，截至2013年，已有成员15人，获得连续三期资助，总计1170万元。重点实验室发表的重要论文（IF>3）中，群体贡献68%。
