哈尔滨工程大学目前设有16个院系。其重点学科为：船舶与海洋结构物设计制造、水声工程、轮机工程。
共有56个专业。重点专业：船舶与海洋工程、核科学与技术、计算机科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、仪器科学与技术、机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、力学、光学工程、管理科学与工程。
学院设置具体如下：
1、总的来说，共有20个系（部或学院）：
17个系；1个部；
2、个学院（其中软件学院是二级学院）。
2、具体来说，有：纺织工程系、安全工程系、材料与化学工程系、资源与环境工程系、服装设计与工程系、机械工程系、电气信息工程系、土木工程系、计算机科学与工程系、数理科学系、管理科学与工程系、工商管理系、会计学系、经济贸易系、艺术设计系、人文社会科学系、外语系、体育教学部、继续教育学院、软件学院。
