厦门大学教育研究院的学科建设取得丰硕成果，形成了国家重点学科、博士学位授权学科、教育学博士后流动站，教育部研究生教育创新计划（高等教育学）研究生访学基地、硕士学位授权学科的学科建设体系。
（一）国家重点学科 1988年7月22日，原国家教委批准厦大高教所高等教育学科为首批5个教育学国家重点学科点之一；
2002年，厦门大学高等教育学科以优异的业绩继续被评为国家重点学科点，再次成为全国唯一的高等教育学国家重点学科；
2007年，厦门大学高等教育学科又一次连续获得国家重点学科称号，是至2007年为止全国最早的高等教育学国家重点学科。
（二）教育学博士后流动站 2003年10月，经国家人事部和全国博士后管委会批准，该院设立教育学一级学科博士后流动站，为人才培养和科研攻关的进一步发展拓展空间，有在站博士后12名。
（三）博士学位授权学科 该院拥有三个博士学位授权学科：高等教育学；教育史；教育经济与管理。
1．高等教育学博士学位授权学科
高等教育学博士学位授权学科于1986年设立并于当年开始招生，它是中国第一个高等教育学博士学位授权学科，高等教育学科创始人潘懋元教授成为中国第一位高等教育学的博士生导师。博士生导师为潘懋元教授、刘海峰教授、邬大光教授、谢作栩教授、史秋衡教授、王洪才教授和林金辉教授，该博士点特别关注高等教育基本理论研究及中国高等教育问题研究，在中国高等教育研究史上具有奠基性的地位，处于国内高等教育研究领先水平。已毕业高等教育学博士106名。
2．教育史博士学位授权学科
教育史博士学位授权学科于2006年设立，博士生导师为刘海峰教授、张亚群教授和郑若玲教授。该博士点的主要方向为科举学研究和中国近现代高等教育史研究，其中科举学研究被同行誉为独创性的学科，在国内外有重要的影响。
3．教育经济与管理博士学位授权学科
教育经济与管理博士学位授权学科于2006年设立，博士生导师为邬大光教授、史秋衡教授、李泽彧教授和武毅英教授。该博士点的研究重点为高等教育体制、高等教育管理与评估等领域，在全国有着重要的影响力。
（四）教育部研究生教育创新计划研究生访学基地（高等教育学）
2007年12月，教育部批准厦门大学设立全国首家教育部研究生教育创新计划（高等教育学）研究生访学基地。2007-2008学年第二学期开始招收首批4位校外博士访学生。
（五）硕士学位授权学科
在高等教育学硕士点（1984）、教育史硕士点（2003）、比较教育学硕士点（2003）、课程与教学论硕士点（2003）的基础上，2006年，该院获批教育学硕士学位授权一级学科。现该一级学科下设教育学原理、高等教育学、教育史、比较教育学、课程与教学论等五个硕士学位授权二级学科进行招生。在原先高等教育学硕士学位授权学科的教育管理方向和青年心理学方向基础上，先后获批教育经济与管理硕士点（2000）、发展与教育心理学硕士学位授权学科（2005年）
