截至2019年3月，厦门大学设有研究生院、6个学部以及29个学院和15个研究院。
厦门大学专业设置如下：
人文与艺术学部（文学部）：中国语言文学系、历史学系、哲学系、人类学与民族学系、新闻学系、广告学系、传播学系、英语语言文学系、欧洲语言文学系、日本语言文学系、法语语言文学系、美术系、音乐系、设计系、华文系。
社会科学学部（社科学部）：经济学系、统计系、财政系、金融系、国际经济与贸易系、会计学系、企业管理系、管理科学系、旅游系、工商管理教育中心、高级经理教育中心、财务学系、市场学系、厦门大学法律硕士教育中心、会计硕士专业学位联合教育中心、物流与项目管理工程硕士教育中心、政治学系、公共管理系、社会学系、公共管理教育中心、教育学公共教学部、教师教育部。
自然科学学部（理学部）：物理学系、电子科学系、天文学系、数学与应用数学系、信息与计算数学系、概率与数理统计系、化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系。
工程技术学部（工学部）：物理学系、电子科学系、天文学系、化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系、计算机科学系、智能科学与技术系、通信工程系、网络空间安全系、材料科学与工程系、生物材料系、建筑系、土木工程系、城市规划系、飞行器系、动力工程系、机电工程系、仪器与电气系、自动化系、电子科学系、电子工程系。
医学与生命科学学部（医学部）：生物学系、生物化学与生物技术系、生物医学科学系、农业生物技术系、药学系、临床医学系、中医学系、护理学系、眼视光系。
地球科学与技术学部（地学部）：海洋生物科学与技术系、海洋化学与地球化学系、物理海洋学系、应用海洋物理与工程系、地质海洋学系、环境科学系、生态学系、环境与生态工程系。
厦门大学研究生的专业如下
1、一级学科硕士学位授权点（46个）
哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、民族学、马克思主义理论、教育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、天文学、海洋科学、生物学、生态学、统计学。
机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、化学工程与技术。
航空宇航科学与技术、环境科学与工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中医学、药学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、戏剧与影视学、美术学。
2、专业硕士学位授权类别（29个）
金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、教育、汉语国际教育、翻译、新闻与传播、文物与博物馆、建筑学、电子信息、机械、材料与化工、能源动力、土木水利、临床医学、公共卫生、药学、工商管理、公共管理、会计、旅游管理、工程管理、艺术。
