有南京大学、东南大学、河海大学、南京师范大学、南京理工大学、南京财经大学等。
河海大学，简称“河海（HHU）”，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学，是国家首批具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位，是国家“世界一流学科建设高校”，国家“211工程”重点建设。
据2021年6月学校官网信息显示，学校在南京市、常州市设有西康路校区、江宁校区和常州校区，占地面积2462亩；开设63个本科专业；有教职工3535名，各类在校学生54478名，其中研究生18813名，普通本科生20165名，成人教育学生14201名，留学生1299名。
科研平台：
据2021年6月学校官网信息显示，学校有国家重点实验室1个，国家工程研究中心1个，9个国家级以及省部级重点实验室，18个国家级以及省部级工程研究中心（工程技术研究中心），1个省部共建协同创新中心，6个高等学校学科创新引智基地，江苏省高校协同创新中心4个。
以上内容参考：百度百科——河海大学
南京的大学排名一览表如下
1、南京大学，南京市。
2、东南大学，南京市。
3、南京农业大学，南京市。
4、河海大学，南京市。
5、南京师范大学，南京市。
6、南京理工大学，南京市。
7、南京航空航天大学，南京市。
8、南京工业大学，南京市。
9、中国药科大学，南京市。
10、南京邮电大学，南京市。
11、南京医科大学，南京市。
12、南京林业大学，南京市。
13、南京信息工程大学，南京市。
14、南京中医药大学，南京市。
15、南京财经大学，南京市。
16、南京审计大学，南京市。
17、南京工程学院，南京市。
18、金陵科技学院，南京市。
19、南京晓庄学院，南京市。
20、江苏第二师范学院，南京市。
21、南京特殊教育师范学院，南京市。
22、南京体育学院，南京市。
23、南京艺术学院，南京市。
24、江苏警官学院，南京市。
25、南京森林警察学院，南京市。
