2008，全国高校自然科学二等奖（排名第二）。
2003，北京大学优秀博士论文
2003，博士后科学基金一等资助金（全国化学类唯一获得者）
2001，北京大学创新奖
2000，北京大学研究生学术十杰
2002，中国大学生建昊奖学金
1999，北京大学光华奖学金
黄昆的学术成就
（9项）
1. 2005年,北京大学优秀博士学位论文奖
2. 2007年,复旦大学优秀博士后
3. 2008年,复旦大学信息学院“院长奖”
4. 2007年,复旦大学信息学院教学一等奖
5. 2003年,北京大学优秀毕业生
6. 2005年,长三角青年创新展二等奖(参加人员)
7. 2000至2001学年,北京大学诺基亚(NOKIA)奖学金
8. 2003年,第十三届中国神经网络学术会议优秀学术报告奖.
9. 2002年,第十二届中国神经网络学术会议优秀学术报告奖.
已发表SCI/EI收录学术论文50余篇。申请发明专利27项，其中国际专利1项。鉴定科研成果10项。2000年获云南省科技进步三等奖，2001年获云南省技术发明二等奖，2003年获云南省自然科学一等奖，中国有色金属工业科技进步二等奖。2007年全国百篇优秀博士学位论文提名（2006年云南省优秀博士学位论文奖），2008年获北京大学优秀博士后奖。
