3个国家级一流本科专业：中医学、中药学、康复治疗学；
2个省级一流本科专业：针灸推拿学、中西医临床医学
4个国家级特色专业：中医学、中药学、针灸推拿学、中西医临床医学；
7个省级特色专业：护理学、药学、药物制剂、预防医学、制药工程、公共事业管理、英语；
2个国家级专业综合改革试点：中医学、中药学；
10个省级专业综合改革试点：针灸推拿学、中西医临床医学、护理学、药学、药物制剂、预防医学、制药工程、市场营销、英语、计算机科学与技术
河南中医药大学拥有一级博士学位授权学科两个：中医学、中药学；这两个学科无论是师资力量，还是科研水平，学校投入程度等都是最好的。另外该校的河南省一级重点学科：基础医学、临床医学、中医学、中西医结合、中药学、护理学、公共管理、药学
