要说哪所学校的日语专业最好，肯定是北外和上外了。不过北外和上外是语言类院校，与题主所要求的不一样。综合类院校各有各的优势，所以接下来，我主要说一下我心目中的综合类院校的日语专业的排名。
一、北京大学
毋庸置疑，说到语言类专业，除了北外上外应该就是北大了。北大作为综合类院校，文科是她的强项。
一般大学生所用的教材——综合日语就是北京大学出版社出版的，编者是北京大学的教授彭广陆和一些日本教授和中国人老师。
二、清华大学
清华大学主要以理科为重，但是我认为他的日语专业在综合类院校也是不错的。
清华大学外文系日语专业始建于1970年。日语专业每年面向文科（外语为英语的考生）招收（含保送）四年制本科生一个班（25人左右）和一个外国留学生班（25人左右）。本专业旨在培养具有扎实的日语语言基础、了解日本文化、有较强的日语语言运用能力和广泛的人文、科技、经贸等专业知识，毕业后能从事翻译、教学、商贸、管理、国际文化交流等领域工作的高级日语人才。日语专业学生的英语课程按照双学位教学计划进行，四个学年不断线。
三、浙江大学
浙大坐落于“人间天堂”的杭州，是中国人自己创办的新式高等学校之一。
浙江大学的日语语言文学专业试办于60年代，1978年起正式招收四年制本科生。师资队伍中有教授、副教授5名，全体教师均有留学日本经历，日本专家1名。现设有日本语言文学专业本科课程（授予文学士学位）和二年半制硕士研究生课程。
当然还有其他学校，这里就举出三个啦~
主要有武汉大学日语系、北京外国语大学日语系、东华大学日语系、广东外语外贸大学东方语言文化学院、北京第二外国语学院日语学院。
1、武汉大学外语学院日文学科：创建于中日建交前夕的1972年4月，是我国最早成立的一批小语种专业之一，2014年获得博士点，其硕士点获得教育部的批准也早于全国同类学科，甚至早于其它名牌大学，是中部地区最早能培养日语高层次人才的基地。
2、北京外国语大学日语系：具有学士、硕士、博士学位授予权，是国内办学层次齐全、质量较高的日语系。日语系教学层次分为本科、硕士、博士研究生，实行本、硕、博连贯制的教学科研体制。日语系创建于1956年，其前身为外交学院设立的日语专业。
3、东华大学日语系：外语学院日语系成立于2002年，是东华大学重点学科，是综合大学中唯一获得教育部·财政部“国家级特色专业建设点”殊荣的日语专业。日语系设有“日本语言文学”和“日语（国际经济与贸易）”两个专业方向，2005年开始招收日语硕士生。
4、广东外语外贸大学东方语言文化学院：
1997年1月在原广州外国语学院东语系的基础上组建而成。其前身为组建于1970年10月的广州外国语学院“三系”，1983年院系调整时改称为东语系。学院现下设日本语系、印尼语系、泰语系、越南语系、朝鲜语系、阿拉伯语系、南亚语言文学系。
5、北京第二外国语学院日语专业：创建于1964年，现有教授8人、特聘教授1人、副教授19人（含日籍专任教师1人）、讲师5人（含日籍专任教师 1人）、外聘日籍专家3人。在50余年的人才培养过程中，日语专业为国家培养出了一批批品学兼优的毕业生。
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百度百科-东华大学日语系
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百度百科-北京第二外国语学院日语学院
