南京市有著名的两所二本院校，一是南京大学，位于江苏省南京市，是一所百年古老的全国重点大学，目前在全国综合实力当中名列前茅，享有东方哈佛的美誉，另一所则是南京理工大学，位于中国科技教育的重镇——南京，其为江苏省重点建设、国家211工程及985工程重点建设高校之一，是目前南京市综合实力最强的高校之一。
这两所学府共同构成了南京市的高等教育发展的特色文化，为南京市的经济发展提供了充足的专业人才。
此外，南京市还有很多高等教育院校，如南京财经大学、南京师范大学、南京农业大学、南京信息工程大学等，为南京教育水平的提升做出了贡献。
