为进一步适应建立完善社会主义市场经济体制的需要，南开经济研究所目前的重点研究方向为：转型经济理论、市场运行、企业改革与产业结构调整、经济发展理论、农业经济、产业经济、中国近代经济发展史、中外经济关系史、韩国经济等研究方向等，并在这些研究方向招收博士和硕士研究生。现每年招收博士生30余人、硕士生40余人、博士后研究人员5人。
南开大学硕士研究生学制设置：
1、在学术型硕士研究生中，文学院新闻学、传播学、美术学、设计学专业；法学院；周恩来政府管理学院；马克思主义教育学院除军事思想以外的专业；经济学院除精算学以外的专业；商学院；旅游与服务学院；高等教育研究所；经济与社会发展研究院；金融发展研究院；日本研究院国际政治、世界经济专业实行以2年制为基础的弹性学制；其他研究生培养单位的学术型研究生学习年限为3年。
2、 在专业学位硕士研究生中，材料工程、化学工程、临床医学、法律（非法学）、法律（法学）等专业学位研究生学制为3年；工商管理、会计、图书情报、资产评估、旅游管理等专业学位研究生学制为2-3年；其他专业学位研究生学习年限为2年。
