《秘密花园》中的玛丽·雷诺克斯出生在印度，她是个不招人喜欢，脾气又差的小女孩。她看起来非常憔悴，弱不禁风。
玛丽的母亲是一个大美人，她不喜欢玛丽，她只喜欢参加晚会或宴会。玛丽的父亲在英国政府工作，因为工作经常把玛丽遗忘，他们两个似乎都不愿意要这个孩子。因此玛丽是由奶妈带大的，因此，没大有见过自己的爸爸妈妈。
一场霍乱后，玛丽的父母去世了，家里的仆人还有奶妈都死了。而霍乱中玛丽却在育儿室中奇迹般的'活了下来，那个时候，屋里只有玛丽还有一条蛇了，军方找到了她，并告诉她，她成了一个孤儿。
玛丽先是去了一个牧师家里，但是她觉得牧师家里又脏又乱，所以不喜欢，而且牧师的孩子经常捉弄他，叫玛丽为“玛丽小姐真自私”。
玛丽去了她的姑父家，遇到了一个平凡的女佣玛莎，又遇到了她的母亲索比亚太太。他们一家十几口住在一个农舍里。玛丽又在菜地里遇到了本·威瑟斯塔夫，并从他口里了解了秘密花园，又认识了他的知更鸟。玛丽在知更鸟的帮助下找到了秘密花园的钥匙，并找到了大门。几天后玛丽又遇到了一个可以和动物交流的男孩—迪肯，并和他让秘密花园复活。接着玛丽在房子里听到了柯林少爷的哭声，并发现了他，和他成为了朋友。可他一直说自己活不了多久，因为他不能下床，出房间也只坐在轮椅上。他的脾气和玛丽以前一样坏，因为她现在已经变了，长漂亮了，脾气好了。
可是玛丽和柯林闹别扭。之后，就和好了，并带他到秘密花园。柯林学会站起来，可秘密花园本也来过。于是他们四人一起守护这个秘密。直到一天克雷文回来发现了自己的儿子与以前的不同。
