在两个或两个以上不同性质的生态系统（或其他系统）交互作用处，由于某些生态因子（可能是物质、能量、信息、时机或地域）或系统属性的差异和协合作用而引用而引起系统某些组分及行为（如种群密度、生产力和多样性等）的较大变化，称为边缘效应。
防止：
1. 预孵育：使用水浴或在将反应溶液加入至板孔中时，将板和溶液均加热至温育温度（如37℃），就可以很容易地排除“边缘效应”。
2. 使用防挥发盖：已有人针对多孔板挥发效应导致的边缘效应，开发了一种防挥发的多孔板盖。
3. 放弃周边孔：在上述方法不能解决时，为了得到更可靠的试验结果，最直接简单的方法就是不用这些周边的孔。
