两者的概念不同，支付令是指在督促程序中由人民法院发布的限令债务人履行支付义务或者提出书面异议的法律文书。起诉是依法向法院提出诉讼，请求法院对特定案件进行审判的行为。
两者的适用的程序阶段不同，支付令使用于督促程序，而起诉行为可以发生在简易程序也可以在普通程序中。
两者的条件不同，起诉需要的条件要复杂于支付令，支付令的条件要求是债权人与债务人没有其他债务纠纷的和支付令能够送达债务人。
最后起诉更能保障债权人的权益，因为向法院起诉时可以申请法院采取财产保全措施。而申请支付令的同时对方可能会进行财产转移。
法律依据:
《民事诉讼法》第一百二十二条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
第二百二十一条
债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
（二）支付令能够送达债务人的。
申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。
