公司收购与合并的区别有：收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，合并由参加合并的各公司作出决议签订协议。公司被收购员工的处理是：劳动关系应由收购后的公司承继，合同继续有效，收购后的公司要求重新签订劳动合同的，原公司应根据员工已提供的服务年限支付相应的经济补偿。
法律依据:
《劳动合同法》第三十三条
用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
第三十四条
用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
第三十五条
用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
