当事人在工商管理部门办理股权转让的，应当按照以下流程进行办理：领取并填写公司变更登记申请表；提交上述表格以及公司章程、股权转让协议等材料；审核通过后，完成变更登记等。
法律依据:
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条市场主体变更登记事项，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。
市场主体变更登记事项属于依法须经批准的，申请人应当在批准文件有效期内向登记机关申请变更登记。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十五条公司、非公司企业法人的法定代表人在任职期间发生本条例第十二条所列情形之一的，应当向登记机关申请变更登记。
