分公司只办了营业执照的注销流程：
1、持分公司营业执照副本，到工商登记窗口按规定申请注销登记。
2、准备好办理注销登记的材料，材料原则上应准备原件。
3、材料准备完成后，向工商登记机关提交整套材料，在提交材料合法、齐全、有效的前提下，工商部门依法办理注销登记手续。
法律依据:
《市场主体登记管理条例》第三十一条
市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。经登记机关注销登记，市场主体终止。
市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。
