股权代持对新三板挂牌是有影响的，因为这样股权就不明晰。股权代持在日后极易发生利益纠纷和股权纠纷。根据相关法律规定，新三板挂牌规则中明确要求清理股权代持。
法律依据:
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第二十四条
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。
实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
