公司合并，维护职工利益的方法如下：首先给予员工自由选择去留的机会。若职工选择离职，则公司应该要给予职工对应补偿。一般是按劳动者在本单位工作的年限决定经济补偿的数额，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿；工作时间在六个月以上不满一年的，按一年计算。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
