无效合同的补充协议有效的情形是补充的内容为结算和清理条款或者是有关解决争议方法的条款。若是其余的条款，则是无效的。根据相关法律规定，合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。
法律依据:
《《中华人民共和国民法典》》第五百六十六条合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
合同因违约解除的，解除权人可以请求违约方承担违约责任，但是当事人另有约定的除外。
主合同解除后，担保人对债务人应当承担的民事责任仍应当承担担保责任，但是担保合同另有约定的除外。
《《中华人民共和国民法典》》第五百六十七条合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。
