居间合同补充协议与主合同的关系是：居间合同补充协议是对原居间合同内容的补充或者变更，不影响原居间合同的有效性，居间合同补充协议条款与原居间合同不一致或发生冲突的，以居间合同补充协议为准。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《中华人民共和国民法典》第九百六十一条中介合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。
