合同发生纠纷的处理是：依法谈判、磋商，在达成共识的基础上达成和解协议；经过中立的第三方的努力，促进双方达成和解协议；根据仲裁协议提请仲裁机构仲裁；向人民法院提起诉讼。
法律依据:
《仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
