合伙协议是指合伙企业中所有合伙人订立的协议。公司章程是指所有股东共同制定的章程。二者不可能同时适用。若是发起人协议与公司章程冲突的，适用最新的文件。
法律依据:
《公司法》第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四条
公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
合伙协议是指合伙企业中所有合伙人订立的协议。公司章程是指所有股东共同制定的章程。二者不可能同时适用。若是发起人协议与公司章程冲突的，适用最新的文件。
《公司法》第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四条
公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
