补充协议无效不会影响主合同。主合同是无须以其他合同存在为前提即可独立存在的合同，具有独立性。主合同在发生法律规定或当事人约定的情况后，合同当事人之间的权利义务关系消灭，合同的法律效力终止，与补充协议的效力无关。
法律依据:
《民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
