总公司不可以注销分公司的营业执照，只有工商登记机关才可以注销分公司的营业执照，但是总公司可以作出解散分公司的决议，分公司可以依此决议申请注销登记。
法律依据:
《公司法》第一百一十五条
公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
总公司不可以注销分公司的营业执照，只有工商登记机关才可以注销分公司的营业执照，但是总公司可以作出解散分公司的决议，分公司可以依此决议申请注销登记。
《公司法》第一百一十五条
公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
