《民法典》不可以调整甲公司与其分公司的业务指导关系，因为《民法典》调整的是平等民事主体之间的关系。根据相关法律规定，分公司的一切经营活动都听从总公司指挥。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一条为了保护民事主体的合法权益，调整民事关系，维护社会和经济秩序，适应中国特色社会主义发展要求，弘扬社会主义核心价值观，根据宪法，制定本法。
《中华人民共和国民法典》第二条民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。
《中华人民共和国民法典》第三条民事主体的人身权利、财产权利以及其他合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。
