房主无房产证但系合法建筑的租赁合同有效。对于历史遗留的无证小产权房可以进行出租，租赁合同应认定为有效；对于违章建筑、超期的临时建筑等没有任何合法手续的非法建筑物不得出租，租赁合同应认定为无效。
法律依据:
《《商品房屋租赁管理办法》》第三条房屋租赁应当遵循平等、自愿、合法和诚实信用原则。
《《商品房屋租赁管理办法》》第六条有下列情形之一的房屋不得出租：
（一）属于违法建筑的；
（二）不符合安全、防灾等工程建设强制性标准的；
（三）违反规定改变房屋使用性质的；
（四）法律、法规规定禁止出租的其他情形。
