股权转让但未向工商部门变更登记转让协议，只要是双方真实的意思表示，并且不违反法律、法规的强制性规定，没有恶意串通损害他人的利益，就是有效的。
法律依据:
《公司登记管理条例》第二十七条
公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：
（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书；
（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定；
（三）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。
