房产公司无权扣押业主房产证。不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。根据相关法律规定，房产证应当归业主所有。不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
法律依据:
《民法典》第二百零八条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。动产物权的设立和转让，应当依照法律规定交付。
第二百零七条
国家、集体、私人的物权和其他权利人的物权受法律平等保护，任何组织或者个人不得侵犯。
第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十一条
当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
