员工隐瞒怀孕入职，公司发现后不能将其解雇，因为是否怀孕属于员工的隐私。根据相关法律规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。
法律依据:
《劳动合同法》第八条
用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。
第九条
用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
