违反了商业保密协议后果是：
1、民事责任，公司可以要求员工赔偿因违约或侵权给公司造成的损失；
2、行政责任，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款；
3、刑事责任，造成严重后果的追究侵犯商业秘密罪。
法律依据:
《民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。
第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
