员工与公司签订不缴纳社保协议是无效的。公司不按照实际工资缴纳社保是违法行为，用人单位会被行政部门责令改正，如果没有改正的，会受到罚款的行政处罚。
法律依据:
《社会保险法》第五十八条
用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。
